조류를 이용해 생물연료를 생산하는 공정은 온실가스 방출이 많으며 더욱 많은 양의 물 및 에너지를 필요로 한다. Watertechonline.com에 따르면, 미국 버지니아 대학 연구팀은 이러한 환경영향을 상쇄하는 해결책으로 폐수처리 공법 사용을 검토중이다. 폐수처리장 후단에 조류생식용 저수조를 만들어 질소 및 인을 잡을수 있는 공정을 거치도록 하여 환경영향을 최소화할 수 있을 것으로 기대된다.